Scientific Task Atlas 中文导览
把“测什么科学问题”单独归类。
Domain 说明数据背景，Capability 说明模型要预测、设计还是调用工具；Scientific Task 则回答真正的问题：蛋白质折叠、PPI、蛋白质–小分子结合、DNA 调控、RNA 设计、单细胞注释或端到端组学分析。
三个受控词表
Scientific object
问题围绕什么对象：protein、DNA、RNA、small molecule、cell、tissue、omics profile 等。
Task family
问题属于哪类科学操作：结构预测、设计生成、分子相互作用、组学分析、系统建模等。
Scientific task
最具体、可由证据支持的问题类型。只登记 leaf task；官方只给出宽泛描述时保留 parent task。
分类原则
- 不会因为 benchmark 用于 protein engineering，就把 fitness prediction 自动改成 protein design。
- binding 没有 subtype 证据时，不会猜成 PPI、pose 或 affinity。
- 每个 count 都保留 tasks、questions、examples、assays、targets、systems 等原始单位，不跨单位求和。
- 混合 suite 没有穷尽 taxonomy 时标为 partial；数量未公布时明确显示 Not reported。
- 零覆盖任务也保留在 taxonomy 中，用于展示 registry coverage gap，而不是伪装成数据错误。
典型任务
| 任务 | 对象 | 任务族 | 定义 |
|---|---|---|---|
蛋白质单体折叠与结构预测protein-monomer-structure-prediction | 蛋白质 | 结构预测 | Predict the three-dimensional structure of a single protein chain or domain. |
蛋白质序列设计protein-sequence-design | 蛋白质 | 设计与生成 | Generate an amino-acid sequence satisfying specified structural or functional constraints. |
蛋白质-蛋白质相互作用预测protein-protein-interaction-prediction | 蛋白质 | 分子相互作用 | Predict whether proteins interact or identify an interaction partner or interface. |
蛋白质-配体结合亲和力protein-ligand-binding-affinity | 蛋白质、小分子 | 分子相互作用 | Predict or rank the strength of protein-small-molecule binding. |
启动子识别promoter-detection | DNA | 序列与调控 | Identify promoter regions or promoter activity from DNA sequence. |
RNA设计rna-design | RNA | 设计与生成 | Generate or optimize an RNA sequence for a specified functional response. |
小分子生成small-molecule-generation | 小分子 | 设计与生成 | Generate molecular structures satisfying requested constraints or objectives. |
细胞类型注释cell-type-annotation | 细胞、组学谱 | 细胞与空间分析 | Assign biological cell-type or state labels to single-cell profiles. |
多组学整合multiomics-integration | 组学谱 | 组学分析 | Integrate two or more molecular modalities into a joint analysis or representation. |
端到端计算分析end-to-end-computational-analysis | 组学谱、实验系统 | 科学工作流 | Complete a multi-step scientific analysis using data |
从哪里开始
Explorer 支持 folding、PPI、docking、RNA design 等 aliases 搜索，并可按 object、task family、domain 与 coverage status 筛选。任务详情页继续使用英文 canonical URL，以保持永久 ID 稳定。